Ayuda OnLine de GULiC
Problema en la instalación de Abinit && NetCDF
Enviado por darkside el 9 Agosto, 2006 - 13:36.
- Tengo que instalar un programa, el abinit (http://www.abinit.org/). Es Software Libre.
- Bueno, pues hice una primera instalación en su versión simple y paralelo usando mpi. Tras bastantes problemas conseguí que funcionara.
- El programa lo tienes que instalar y hay un fichero el makefile_macros donde pones todos los parámetros para la compilación.
- El programa genera varios ejecutables, los más importantes son: abinit y cut3d.
- Ya me las creía tan felices cuando resulta que una de las opciones del cut3d es la pasar unos ficheros a netCDF ( http://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/) (también software libre). Bueno, pues a pesar de que está incluido en Debian, para poder integrarlo en el abinit tienes que compilarlo con el programa.
- A continuación tienes un ls del directorio del abinit, para que te hagas una idea de lo que tiene:
darkside:/usr/local/abinit-4.6.5# ls
abinis Instalacion log.netcdf Psps_for_tests Src_2geometry Src_3xml Src_defs Test_v4
aim Lib_blas Machine_dept_files robodoc.rc Src_2nonlocal Src_4iowfdenpot Src_main tmp_makefile
anaddb Lib_fftnew makearch RunTests Src_2parser Src_4wfs t3xo_DS1_DEN Tutorial
band2eps Lib_lapack make.bat RunTests.pl Src_2psp Src_5common Test_cpu Utilities
changes.4.6.x Lib_light makedefns scripts Src_2spacepar Src_6response Test_fast ,version
conducti Lib_macroav Makefile Src_0basis Src_3gw Src_7ddb Test_in vms
cut3d Lib_nanoquantaxc makefile_macros Src_1contract Src_3ionetcdf Src_7lwf Test_paral
cut3d.log Lib_netcdf makefile_macros.old Src_1managempi Src_3iovars Src_7suscep Test_physics
descrip.mms Lib_numeric makemake Src_1util Src_3paw Src_8seqpar Test_v1
include.version Lib_numericf90 makencdf Src_2bader Src_3recipspace Src_9cut3d Test_v2
Infos Lib_XMLf90 mkPrl_in Src_2ffts Src_3xc Src_9drive Test_v3
- Bueno, pues tras muchas horas de trabajo en las que no compilaba y demás, conseguí compilar el NetCDF. Me dí cuenta de que para compilarlo con gfortran (el compilar de fortran que estoy usando) sólo sirve la versión 3.6.0 del programa, por lo menos es la única que me compiló. Otra cosa, en lugar de compilarlo con make netcdf del abinit, lo compilé según las instrucciones del netcdf, dejando los ejecutables en Lib_netcdf/…
- Seguimos.
- A continuación hice un make seq, para compilar el abinit.
- Primer problema: el ejecutable del abinis. No compilaba, pero me di cuenta de que era un error cuando hacía gfortran, y es que faltaban las librerias del netcdf, así que las puse y funcionó.
- Segundo error, y ya no sé como seguir, el cut3d.
- Adjunto un log de lo que hace cuando intenta compilarlo.
- El error se origina en los comandos:
/lib/cpp -DP6 -DFLOAT="double precision" -DPOINTER_SIZE=4 -P -traditional -DCONTRACT -DNETCDF wffile.F90 > wffile_cpp.f90
/usr/bin/gfortran -g -O3 -fforce-addr -fno-second-underscore -I../Lib_nanoquantaxc -c wffile_cpp.f90
- Lo de -DNETCDF lo saqué de la página: https://developer.nanohub.org/projects/app-abinit/file/trunk/abinit-4.6.5/makefile_macros
En principio se debe al uso de -DNETCDF, pero claro, si lo quito funciona, pero no tengo esta característica, así que no me sirve de nada. Creo que el problema es de las librerías, o algo así, que debería tener las de netcdf por algun lado, pero no tengo muy claro donde hay que ponerlas. - He probado con :
/usr/bin/gfortran -g -O3 -fforce-addr -fno-second-underscore -I../Lib_netcdf -I../Lib_nanoquantaxc -I../Lib_netcdf -c wffile_cpp.f90
pero tampoco funciona.
- El problema está en el fichero macrofile_macros, pero no sé que más puedo poner..
- ¿Alguna idea?
»
- Inicie sesión o regístrese para enviar comentarios
- 1032 lecturas
El log de la compilación puede ser importante
Edita el mensaje y mira a ver si puedes adjuntar ese log. Sin él, es casi imposible ayudarte. ¡¡Ánimo!!
Me gusta el Software Libre y su filosofía: por eso uso Debian
cut3d.log
Como sigo sin poder adjuntar archivos…ahi va:
makefile_macros
También les dejo el makefile_macros, que contiene toda la info sobre la compilación:
El gfortran
¿En el fichero donde se documenta la instalación no indica si se necesita alguna versión de gfortran en particular?
En todo caso estoy seguro que para algunos error las opción -ffixed-line-length-n te puede ayudar:
Popular values for n include 72 (the standard and the default), 80 (card image), and 132 (corresponds to “extended-source” options in some popular compilers). n may be `none’, meaning that the entire line is meaningful and that continued character constants never have implicit spaces appended to them to fill out the line. -ffixed-line-length-0 means the same thing as -ffixed-line-length-none.
Prueba y a ver que pasa.
—
May the Free Software Force be with you…
gfortran y esta mierda no funciona
Bueno, siento la tardanza, pero he estado sin internet.
Tras mucho cacharrear y darnos de cabezazos, sobre todo amd77, hemos llegado a la conclusión de que ESTA MIERDA NO FUNCIONA.
Por un lado, sip, resulta que no todas las versiones del programa son compatibles con gfortran, pero, cuando por fin nos bajamos una versión compatible, resulta que es demasiado vieja, y tampoco funciona.
Si consigo compilar el netcdf por un lado, resulta que lo hace relocatable, (o algo asi, no tengo mucha idea de esto, amd77 es el guru), y el resto del programa es no-relocatable.
Intentamos cambiar las opciones de compilación, no hay manera.
Bajamos el g95, y otra versión. Resultado: tampoco funciona.
Nos bajamos las versiones beta de las últimas versiones de abinit, pero tampoco funciona.
Al final lo di por imposible, ya lo volveré a intentar cuando disponga de algo más de tiempo….
Saludos